Chránené časti prírody
V štátnom zozname osobitne chránených častí prírody SR je pre okres Malacky 22 záznamov. V blízkosti Plaveckého Podhradia sa nachádzajú tieto zaujímavé lokality:
Prírodná pamiatka Bukovina
Ide o časť doliny potoka Feneš, v susednej dedine Plavecký Mikuláš. Je to trvalo podmáčaná lúka s výskytom typických mokraďných rastlinných druhov, z ktorých je mnoho chránených, resp. vzácnych a ohrozených. Je súčasťou veľkoplošného chráneného územia CHKO Malé Karpaty. Platí tu 4. stupeň ochrany.
Prírodná pamiatka Deravá skala
Ide o jaskynný útvar voľne prístupný návštevníkom za účelom zotavenia a poznávania prírodných a historických hodnôt. Jej ochranu upravuje § 24 zákona č. 543/2002 Z. z.
Prírodná rezervácia Klokoč
Nachádza sa v katastrálnych územiach obce Plavecké Podhradie na severozápadnej strane Malých Karpát a obce Lošonec na juhovýchodnej strane pohoria. Ide o zachovalé časti prírody Malých Karpát, ojedinelého hrebeňového komplexu hôľneho charakteru s druhovo bohatou faunou a flórou. Je súčasťou veľkoplošného chráneného územia CHKO Malé Karpaty, platí tu 5. stupeň ochrany.
Národná prírodná rezervácia Klokoč
Nachádza sa v katastrálnom území obce Plavecký Mikuláš, ako súčasť veľkoplošného chráneného územia CHKO Malé Karpaty. Platí tu 5. stupeň ochrany. Vyhlásená bola za účelom ochrany typickej krasovej doliny s vyvieračkou, jaskyňami a povrch. krasovými javmi, ako aj na ochranu zachovalých lesných spoločenstiev 4. vegetačného stupňa s výskytom chránených a iných zriedkavých druhov rastlín a živočíchov.
Prírodná rezervácia Nové Pole
Nachádza sa v Plaveckom Mikuláši. Je chránená 4. stupňom ochrany. CHÚ bolo vyhlásené na ochranu posledných zvyškov slatín charakteristických pre západné podhorie Malých Karpát s výskytom viacerých fytogeograficky významných druhov rastlín v prirodzených spoločenstvách na vedeckovýskumné a náučné ciele.
Národná prírodná rezervácia Pohanská
Nachádza sa v KÚ obce Plavecké Podhradie ako súčasť veľkoplošného chráneného územia CHKO Malé Karpaty . Vyhlásená bola v roku 1980 na ochranu suchomilných a teplomilných rastlinných a živočíšnych spoločenstiev na vápencoch, krasových javov a významných archeologických nálezísk na vedeckovýskumné, náučné a kultúrno-výchovné ciele.
Prírodná rezervácia Vysoká
Ide o územie ochrany prirodzených lesných a skalných spoločenstiev Malých Karpát s chránenými a ohrozenými druhmi. Nachádza sa v KÚ obce Rohožník. Chránené je 5. stupňom ochrany, je súčasťou VCHÚ CHKO Malé Karpaty.
Národná prírodná rezervácia Roštún
Už v roku 1953 bola vyhlásená vtedajším Ministerstvom kultúry Slovenskej socialistickej republiky za účelom ochrany krasových javov a zachovaných lesných spoločenstiev Malých Karpát s chránenými druhmi organizmov. V súčasnosti je chránená 5. stupňom ochrany. Je súčasťou VCHÚ CHKO Malé Karpaty. Rozprestiera sa v KÚ obcí Plavecké Podhradie a Sološnica.
Lokality NATURA 2000
V blízkosti Plaveckého Podhradia sa nachádzajú oba typy území NATURA 2000. Chránené vtáčie územie Malé Karpaty, ktoré je ideálnym prostredím pre výskyt európsky i národne apivorus) a ďateľ prostredný (Dendrocopos medius). Okrem týchto lesných hniezdičov tu vhodné podmienky nachádzajú aj chránených druhov vtákov sokol rároh (Falco cherrug) sokol sťahovavý (Falco peregrinus), včelár lesný (Pernis druhy viazané na krivinatú etáž ako sú muchárik bielokrký (Ficedula albicollis), muchárik červenohrdlý (Ficedula parva), penica jarabá (Sylvia nisoria), prepelica poľná (Coturnix coturnix), muchár sivý (Muscicapa striata) a pŕhľaviar čiernohlavý (Saxicola torquata). haja tmavá (Milvus migrans), kaňa popolavá (Circus pygargus). (Národný zoznam chránených vtáčích území).
V národnom zozname Území európskeho významu sa v okrese Malacky sa nachádza 25 záznamov. Z toho v bezprostrednej blízkosti Plaveckého Podhradia sa nachádzajú 3 takéto lokality. Ide o:
Rudava
Nachádza sa v KÚ obcí Plavecké Podhradie, Plavecký Mikuláš, Plavecký Peter a ďalších po toku riečky Rudava na celkovej rozlohe 2257,75 ha.
Bežnisko
Ide o pieskové duny popretkávané močiarmi prevažne s celkovou rozlohou 861,24 ha v priestore vojenského lesa. Vstup len na povolenie.
Biele hory
Územie európskeho významu Biele hory sa rozprestiera v KÚ viacerých obcí, medzi nimi aj Podhradie, Plavecký Mikuláš, Plavecký Peter, Sološnica, Rohožník, ale aj obce na druhej strane Malých Karpát, od Častej až po Smolenice. Celková rozloha je 10 106,78 ha.